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最新研究:新冠病毒11月中下旬人传人华南市场非源头

2020-02-23 02:17

  新京报快讯(记者 李玉坤 张璐)科研人员最新研究成果显示,武汉华南海鲜市场不是新冠病毒的起源地,新冠病毒可能最早于去年11月中下旬就输入武汉,并开始人际传播,在华南海鲜市场加快了人际传播。现在扩散的病例至少来自于3个途径。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张(分别是12月8日和1月6日)。

  科研人员收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截至2月12日),通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径。

  研究发现,收到的93个样本包含58种单倍型(可以理解为核酸链上决定同一性状的多个连锁基因构成的基因型),可以归纳为五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。其中,在中国样本中发现31个单倍型,在其他国家样本中发现31个单倍型。

  单倍型演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是一个祖先单倍型,可能是来自中间宿主或者“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。

  郁文彬对媒体解释说,这是一种基于种群遗传学的分析方法。一种基因型不等于一个患者,一种新冠病毒单倍型携带者有可能是多人,甚至可能是上百人,比如H1单倍型就对应了19个样本,但是可以通过这个来溯源,因为某个单倍型患者意味着可能是来自同一个源传染。

  研究发现,与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2,H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。

  H3 单倍型只有一个来自武汉的样本,与华南市场没有联系,而含有H3的其他样本则来自其他国家和地区。值得注意的是,华南市场的所有样本均具有 H1 单倍型或其衍生的单倍型(H2,H8-H12),这表明市场上短期内存在传播感染。华南市场中的新冠病毒可能是从其他地方传播的,或者至少华南市场没有病毒的原始来源。由于最早确定的受感染患者与市场没有联系,受感染的人很可能将新冠病毒传播给市场上的工人或卖家,然后迅速在市场上流通。拥挤的市场加速了病毒传播给买家,并于2019年12月上旬传播到整个城市,这与估计的人口扩张时间相对应。

  根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

  柳叶刀1月24日在线发表的一项研究显示,首例新型冠状病毒肺炎确诊患者于去年12月1日发病,且无华南海鲜市场暴露史。当时这项研究分析了2019年12月16日至2020年1月2日期间在武汉市入院的首批41例确诊感染新型冠状病毒的病例。结果显示,首批41例确诊病例中,27例去过华南海鲜市场,14例没有华南海鲜市场暴露史。

  为了能够细分来源,研究人员将58种单倍型分成了五组,分别是3个中心(古老超级传播者)单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。

  其中,广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,他们的患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,它同时是澳大利亚、法国和美国,以及我国台湾患者的传染源。

  单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的。但现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。

  论文解释,可能是因为现有样品主要采自几家定点医院,而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型,将对于寻找病毒来源非常有帮助。

  论文根据新型冠状病毒基因组数据推算2月12日之前发生了两次明显种群扩张。1月之前的种群扩张发生时间是12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月中下旬即已经开始有人际传播,随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日,这个可能与元旦假期有关联。

  论文指出,这一天国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用,公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视,那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。

  研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件,但有基因组之间有突变,这种突变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚,需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。